Die Führung der ungarischen Widerstandsbewegung gegen die Habsburger übernahm István Bocskai, der zwar früher das Bündnis mit den Habsburgern in die Wege geleitet, sich aber zwischenzeitlich enttäuscht zurückgezogen hatte. In den Kämpfen gegen die Habsburger stützte sich Bocskai vor allem auf die Hajducken. Bei diesen handelte es sich um ehemalige Bauern, die vor den Türken und der Willkür der Großgrundbesitzer geflüchtet waren, sich zu Haufen zusammengeschlossen und als Söldner verdingt hatten. Sie zeichneten sich durch besonderen Heldenmut aus, bildeten aber gleichzeitig auch eine Gefahr für die Großgrundbesitzer, da sie nicht nur zwischen den Kriegen plündernd und raubend durch das Land zogen, sondern mit ihrem Beispiel auch die Bauern zum Ausbruch aus der Leibeigenschaft aufriefen. Der ungarische Landtag forderte deshalb wiederholt die Rückführung der Hajducken in den Leibeigenenstatus oder aber ihre Vernichtung. Es gelang Bocskai, die habsburgischen Truppen aus Siebenbürgen und anderen Teilen Ungarns zu vertreiben. 1605 wurde er zum Fürsten von Siebenbürgen gewählt. Auf dem Höhepunkt des Erfolges sollten sich jedoch die Gegensätze zwischen dem siebenbürgischen und dem ungarischen Adel erneut zuspitzen.
Während der siebenbürgische Adel ein ungarisches Königreich unter türkischem Patronat anstrebte, wollten die adligen Großgrundbesitzer des habsburgischen ungarischen Königreiches einen Vergleich mit den Habsburgern (s. Rudolf I., Matyás II.) herbeiführen, der ihnen die freie Ausübung des protestantischen Glaubens und die ständische Selbstverwaltung gewährleisten sollte. Einig war man sich nur, daß man die Hajducken und die Bauern, die sich ihnen angeschlossen hatten, so schnell wie möglich entwaffnen müsse, damit sich der Aufstand nicht zu einem antifeudalen Bauernkrieg weiterentwickle. In den Friedensverhandlungen mit den Habsburgern wurde 1606 im Wiener Frieden eine Kompromißlösung gefunden. Der Frieden beließ dem Fürstentum Siebenbürgen seine Selbständigkeit, ver-bürgte der Bevölkerung in den unter Habsburger Herrschaft zurückgekehrten Gebieten Glaubensfreiheit und sicherte den Ständen ihre Selbstverwaltungsrechte zu. Das Hajducken-Problem wurde dadurch gelöst, daß diesen als freien Bauernsoldaten Land zugeteilt wurde und sie für ihre geleisteten militärischen Dienste von Leibeigenenabgaben befreit wurden.
